Para restaurarmos a pasta SYSVOL de modo não autoritativo (modo recomendado e mais utilizado), precisamos parar o serviço NTFRS, alterar a chave de registro HKLM\System\CurrentControlSet\Services\NtFrs\Parameters\Backup/Restore\Process at Startup\BurFlags para D2, reiniciar novamente o serviço, aguardar a replicação e ver se os compartilhamentos voltam a ser criados. Uma maneira simples é abrir o CMD como administrador (no servidor que quer zerar a pasta SYSVOL e replicar novamente) e executar os seguintes comandos:

net stop ntfrs
reg add "HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\NtFrs\Parameters\Backup/Restore\Process at Startup" /v BurFlags /t REG_DWORD /d 210 /f
reg query "HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\NtFrs\Parameters\Backup/Restore\Process at Startup" /v BurFlags
net start ntfrs

Verifique se a pasta SYSVOL do servidor começará a replicar do zero, depois que a quantidade de arquivos e pastas estiver de acordo com os demais DCs de sua rede (ainda no CMD) execute o comando net share e verifique se a pasta SYSVOL está novamente compartilhada.

Fontes/Referências

https://support.microsoft.com/en-us/help/290762/using-the-burflags-registry-key-to-reinitialize-file-replication-servi

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